Verksamheten vid Polismyndigheten i Jönköpings län bedrivs i den Operativa avdelningen, Avdelningen för verksamhetsstöd samt Länspolismästarens stab. Flertalet av de centrala funktionerna är placerade i Jönköping.
Geografiskt är myndigheten indelad i tre polisenheter:
- Polisenhet Höglandet (Aneby, Eksjö, Nässjö, Sävsjö, Tranås och Vetlanda kommuner)
- Polisenhet Jönköping (Habo, Jönköping och Mullsjö kommuner)
- Polisenhet Värnamo (Gislaved, Gnosjö, Vaggeryd och Värnamo kommuner)
I Operativa avdelningen ingår även myndighetens kriminalunderrättelsetjänst, som tar emot och bearbetar tips samt kartlägger och analyserar brottsligheten i länet.
Många av myndighetens civilanställda arbetar vid Avdelningen för verksamhetsstöd med bland annat ekonomi, personalfrågor, service, utbildning, information, IT och informationssäkerhet. Det finns även civilanställda som utför mer traditionella polisuppgifter, till exempel brottsutredningar.